อาการป่วยของผู้ที่ได้รับเชื้อไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 จะไม่แตกต่างจากผู้ที่ป่วยด้วยโรคไข้หวัดทั่ว ๆ ไป ซึ่งอาจมีอาการไข้ขึ้นสูง ไอ ปวดศีรษะ เจ็บตามกล้ามเนื้อและข้อต่อ หนาวสั่น ปวดเมื่อย และคัดจมูก ส่วนอาการท้องร่วง อาเจียนและอาการทางประสาทอาจมีการรายงานในผู้ป่วยบางกรณี[54][55] ผู้ซึ่งมีความเสี่ยงสูงจากโรคแทรกซ้อนที่มีอาการรุนแรง ได้แก่ ผู้ซึ่งมีอายุ 65 ปีขึ้นไป เด็กอายุต่ำกว่า 5 ขวบ เด็กซึ่งมีอาการทางประสาท สตรีมีครรภ์ (โดยเฉพาะอย่างยิ่ง สามเดือนก่อนคลอด) [9][56] และผู้ที่มีโรคประจำตัว อย่างเช่น โรคหืด โรคเบาหวาน โรคอ้วน โรคหัวใจ หรือภูมิคุ้มกันบกพร่อง[8] ตัวเลขจาก CDC ระบุว่า จำนวนผู้ป่วยที่ต้องเข้ารับการรักษาพยาบาลในโรงพยาบาลในสหรัฐอเมริกามากกว่าร้อยละ 70 คือ ผู้ที่มีโรคประจำตัว[57]

เมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2552 CDC รายงานว่าไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 "ดูเหมือนจะติดต่อในเด็กซึ่งป่วยเรื้อรังมากกว่าไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาลโดยปกติ"[58] และจากจำนวนเด็กซึ่งเสียชีวิตจนถึงปัจจุบัน เกือบสองในสามเคยมีความผิดปกติทางระบบประสาท "เด็กซึ่งมีปัญหาทางประสาทและกล้ามเนื้ออาจเสี่ยงสูงต่อภาวะแทรกซ้อนได้"[58]

อาการในผู้ป่วยรุนแรง

องค์การอนามัยโลกรายงานว่าลักษณะอาการของผู้ป่วยรุนแรงนั้นมีความแตกต่างจากลักษณะที่พบในการระบาดของไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาลอย่างมาก เป็นที่รู้กันโดยทั่วไปว่าผู้มีโรคประจำตัวจะเสี่ยงติดโรคติดต่อมากขึ้น แต่ไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 กลับแสดงอาการรุนแรงในผู้ป่วยซึ่งเคยมีสุขภาพดีมากกว่าในผู้มีโรคประจำตัว ซึ่งในปัจจุบัน ปัจจัยเพิ่มความเสี่ยงของการแสดงอาการเจ็บป่วยอย่างรุนแรงในผู้ป่วยเหล่านี้ยังคงอยู่ในระหว่างการวิจัย ในกรณีที่แสดงอาการรุนแรง ผู้ป่วยมักจะเริ่มจากมีอาการทรุดลงราว 3-5 วัน หลังจากเริ่มสังเกตเห็นอาการของโรค สุขภาพของผู้ป่วยจะทรุดหนักลงอย่างรวดเร็ว ซึ่งในช่วงนี้ ผู้ป่วยจำนวนมากมักจะประสบกับความล้มเหลวของระบบหายใจภายใน 24 ชั่วโมง ซึ่งต้องการรักษาในห้องไอซียูอย่างเร่งด่วน และต้องการการช่วยหายใจเชิงกล[59]

คำแนะนำ CDC รายงานว่าอาการแสดงต่อไปนี้คือ "อาการแสดงเตือนฉุกเฉิน" (emergency warning sign) และแนะนำให้ผู้ป่วยที่มีอาการแสดงอย่างใดอย่างหนึ่งตามรายชื่อนี้ไปรับการรักษากับแพทย์โดยด่วน[60]: